5月日军进攻中条山，蒋介石要求八路军出动配合作战，不论八路军最终是否进行了配合，中共中央指示八路军加以配合仍属事实。至11月参政会二届二次会议召开之际，中共方面甚至更将条件降低到只要“放叶发饷”做到一件即可参加。最后，国民党一件未做，中共权衡利弊还是派董必武和邓颖超参加了这次会议。这意味着，皖南事变之“善后”工作已不复存在，国共两党因为事变所引起的破裂危险，业已消弥于无形之中了。
不过，皖南事变所引起的国共党关系的重大改变，却不是两党形式上的这种妥协所能消弥的。国民党虽然不顾一切地消灭了7000新四军并宣布撤销了它的番号，但新四军照样存在，并且所占地区及兵力越发扩展与壮大，其在新四军范围内的国民党军队反而一一被驱逐或消灭，国民党其实一无所得。更为重要的是，皖南事变根本破裂了两党之间的感情联系。从蒋介石在参政会密示国民党参政员国共一定要分裂，和国民党军委会办公厅3月18日发布的改“某党”为“奸党”令等事实看，国民党在事变后显然已经正式决定把中共视同“汉奸”，形势许可时必欲“剿灭”。
同样，从前述毛泽东主席对蒋介石的判断，和中共中央所作出的有关决定看，中共方面对与国民党真诚合作，也不再抱有任何幻想。于是，皖南事变自然成了抗战期间国共关系逆转的一道分水岭。事变前，中共军队虽然已经在独立指挥、自行发展，但它仍旧隶属于国民政府之下，至少名义上仍随时呈报并请领军费补充，形式上仍旧使用着统一的货币和遵守着统一的政令法令。国共之间军事上的磨擦冲突也仍可通过正常途径反映或协商。因此蒋之命令或要求，一般总还具有一定的约束力。事变之后，国民政府断绝对中共军队的一切供给与补充，切断了自己与中共军队的一切关系，结果反使自己威信扫地。中共政权与军队从此断绝与国民政府之间的一切上下级关系，自设银行，自发货币，自定法规法令，自行其事，完全脱离国民政府而自行存在，蒋也失去一切命令之权。从此调和两党关系之困难，也就可想而知了。