深海6年1月23日，人类为了扭转局面，以阿尔法合众国为首，在新太平洋西斯列港口汇集了各国所有的精英舰队，开启了史称“废墟战役”的大规模反击战，企图收复丢掉了的领海。
深海6年1月31日，阿尔法合众国的主力部队在新夏威夷岛阻击毁灭密苏里港的元凶，史称“新夏威夷岛阻击战”。在这场战役中人类第一次击沉了要塞级，让联合舰队看到了胜利的希望。
深海6年2月15日，就在联合舰队节节获胜斗志高昂之时，史称“黑色海平面”的事件发生。快要走向覆灭的深海舰队突然得到了大量的援军，其中包括三艘要塞级。
深海6年2月16日至25日，“废墟撤离战”开始，短短的十天内，联合舰队的损失超过了百分之六十。
深海6年2月31日，深海舰队不知为何放弃了进攻人类的大好时机，停止了推进。联合舰队解散，至此，“废墟战役”宣布完全失败。
废墟战役的失败造成了不可估计的影响。由于大陆被吞没，铁，铝，石油，火药，这些制造舰娘和催动舰装的资源一直都十分的珍贵，而在废墟战役之中人类几乎耗尽了所有的库存。不仅如此，制造舰娘所需的能量也消耗殆尽，人类完全丧失了重新补充舰娘的能力。
深海6年3月到5月，人类一直活在惶恐之中。社会动荡不安，人类每天都提心吊胆。
深海6年5月21日，被称为“指挥官时代”的开端，也是深海纪年之中，人类遇到的第一个转机点。带来这次转折的，依旧是“错位历史回闪现象”。在全世界各个海域之中，海水受到了持续错位历史回闪的影响，变成了燃料，弹药，铁，铝和能量结晶这些人类梦寐以求的资源。更重要的是，除能量结晶以外的资源全都变成了密度略小于不溶于水的液体，进行提纯处理之后，暴露在空气中5分钟就会凝固。这样子无疑使这些资源更好的采集以及储存。而且，这些液态的资源丝毫不会影响海洋生物的生存，具体的原理不明。而能量结晶则是一种密度小于水的蓝色纸壮固体。它其中所蕴含的能量刚好够催动一次错位历史回闪。
各国的军方迅速派遣大量的人员，在“回闪”区域建造人造岛屿，开始采集回闪区域的资源。但是，一直处于静默状态的深海舰队突然对这些岛屿展开了攻击。
在保卫岛屿中损耗的资源远远超过了采集所得到的资源，各国军部只得撤离。
深海6年10月，科学家发现，世界上各个角落的深海舰娘现在集中在各大回闪区域，远离回闪区域的岛屿几乎不会遭受到攻击。