深海6年10月13日，由于舆论，债务，政治纠纷等多种缘故，阿尔法合众国的军部瓦解，取而代之的是一个被称之为“指挥官管理部”的私人运营的公司。
该公司采取了完全不同于军方的管理措施。每年，该公司会在全世界范围内进行选拔考试，选取军事能力超强的人才作为指挥官，派遣到由其出资建造的人造岛屿上的港口内就任。这些人造岛屿往往都处在回闪区域的外围，虽然每天能够通过岛屿的采集器收集到的物质很少，但是同时也很少会遇到深海舰娘的袭击。
上任之后，指挥官管理部会免费提供一名舰
娘作为其的初始舰，帮助港口进行发展。
通过向公司缴纳资源，可以换取钱财，可以换取生活物资，也可以让公司派遣一名未进行错位历史回闪的女性到港口之中，然后由指挥官使用所拥有的资源对其进行错位历史回闪，提高自己港口的战斗力。
当舰队扩张到一定程度时，指挥官就可以派遣舰队进行远征，去领海内的区域收集资源，也可以派遣舰队深入回闪区域，一点点剿灭其中的深海舰娘，推进自己领海的边界线。
这一制度的诞生，充分保证了港口指挥官的能力，很快就让公司实现了盈利。不仅如此，散布在世界各海域的人造岛屿，也成为了监视深海舰队动向和保护周边岛屿的利器。
深海7年1月1日，联合国高度评价了指挥官管理部的运营模式，并将其推广到了全世界，除华夏以外，各国纷纷建立起指挥官管理部的分公司，并开始大量地选拔指挥官，建造各种人造岛屿设置港口。
深海7年7月7日，在太平洋众多的新建港口之中，一名指挥官接管了一个离回闪区域十分的遥
远，不起眼又很小的港口，并将其命名为“灰”。据说，这个港口在三年里没有进行进行过一次远征或者出征，一直荒废至今。
然后，故事，就从这里开始了。